Việt Nam những năm Trịnh - Nguyễn phân tranh.

Trước kia Trịnh Kiểm nối giữ binh quyền từ tay Nguyễn Kim đã cho sát hại người con trưởng của Nguyễn Kim là Lãng quốc công Nguyễn Uông. Em của Uông là Nguyễn Hoàng nhờ được bà Ngọc Bảo tâu xin mới được chuẩn cho vào trấn giữ hai xứ Thuận, Quảng, sau dần phát triển thế lực. Mùa hạ năm 1593, nhân nhà Lê khôi phục Thăng Long, Nguyễn Hoàng vào chầu vua Lê, dâng nộp sổ sách hai xứ Thuận, Quảng; được phong làm Thái uý Đoan quốc công, lĩnh quân dẹp giặc cướp ở Sơn Nam, Hải Dương. Trong suốt 8 năm sau đó, Nguyễn Hoàng lập được rất nhiều chiến công, dần thăng tới chức Hữu tướng chỉ sau Trịnh Tùng. Vì thế Trịnh Tùng càng không muốn thả Nguyễn Hoàng về trấn vì e sợ "thả hổ về rừng"[58]

Mùa hạ năm 1600, Nguyễn Hoàng xúi giục bọn tướng cũ của nhà Mạc gồm Kế quận công Phan Ngạn, Tráng quận công Ngô Đình Nga, Mỹ quận công Bùi Văn Khuê nổi lên chống lại nhà Lê, theo về họ Mạc. Nguyễn Hoàng xin được cầm quân đánh dẹp rồi bí mật đốt hết doanh trại, trốn về Thuận Hoá. Lòng người trong kinh kì dao động, Trịnh Tùng phò vua Lê Kính Tông chạy về Thanh Hoa.[59][60]. Các thế lực cũ của nhà Mạc nổi lên, đón Bùi thị là thứ mẫu của Mạc Mậu Hợp tiếm xưng Quốc mẫu ra coi chầu, và rước Mạc Kính Cung từ Cao Bằng về Thăng Long.

Ngày 24 tháng 6 năm 1600, Phan Ngạn nghi ngờ Bùi Văn Khuê có ý làm phản nên giết đi. Vợ của Khuê là Nguyễn Thị Niên, cũng là con gái của Nguyễn Quyện, bèn dụ giết Phan Ngạn để báo thù cho chồng[59][61]. Trịnh Tùng được tin về những biến động ở nói trên, nhận ra thời cơ thu phục kinh thành đã tới. Ông đem thủy bộ cùng xuất phát từ An Trường[Ghi chú 22]. Nguyễn Khải dẫn quân bộ đi đầu, phá được giặc ở cửa sông Giáng, còn quân thủy đi theo sông Ninh Giang ra cửa sông Hát, thuận dòng nước mà xuôi xuống, xông thẳng vào Đông Kinh. Quân triều đình đi đến Gián Khẩu thì gặp tướng nhà Mạc là bọn quận Vân đem thủy quan đến chặn đường. Trịnh Tùng phát lệnh cho các quân xông lên đánh mạnh, bắn gấp. Binh thuyền của quận Vân thua lớn, bỏ chạy[62]. Quân Lê-Trịnh tái chiếm Thăng Long, Bùi thị bị giết, Mạc Kính Cung chạy về Cao Bằng, còn Ngô Đình Nga bị bắt xử tử.[63][64] Vài ngày sau, em của Phan Ngạn là quận Quỳnh ra thú tội, Trịnh Tùng hạ lệnh tha tội cho ông này. Ngày 2 tháng 8 năm đó, ông cho đón vua Lê về kinh đô[62].

Bấy giờ Phù quốc hầu nhà Mạc là Nguyễn Dụng cũng nổi dậy, năm 1601 Trịnh Tùng đích thân hành đem đại quân đánh dẹp. Quân tiến đến Lãnh Giang[Ghi chú 23], Dụng chống cự, tiền quân của chúa bị thiệt hại. Tùng bèn khuyến khích tướng sĩ, quân lính đều hết sức liều chết tiến đánh, phá tan được quân giặc, chém được Dụng và Nga quận công ở mặt trận, thu được nhiều chiến lợi phẩm. Lại sai Hoàng Đình Ái đánh Hải Dương, Mạc Kính Cung phải chạy lên Lạng Sơn, vùng Hải Dương được bình định.[64]

Đối với Nguyễn Hoàng đã chạy trốn về nam, Trịnh Tùng vì bận đối phó với họ Mạc nên không rảnh lo đến. Vì thế ông sai Thiêm Đô ngự sử Gia Lộc tử là Lê Nghĩa Trạch cầm thư vào nam an ủi Nguyễn Hoàng, viết rằng[65]

Bậc đại thần, nghĩa phải cùng vui, cùng buồn với nước. Cậu đối với nước mà nói, thì là bề tôi huân cựu đời đời, đối với nhà mà nói, thì là tình nghĩa chí thân. Mới rồi, họ Mạc tiếm nghịch, vận nước gian truân, tiên tổ là Thái tể Hưng Quốc Chiêu Huân Tĩnh công (Nguyễn Kim) đầu tiên khởi xướng đại nghĩa, giúp Trang Tông Hoàng Đế trong lúc gian nan, sửa lại danh phận. Tiên tổ mất đi, tiên khảo là Minh Khang Thái Vương (Trịnh Kiểm) giữ trọng trách của nước, thấy cậu là người ruột thịt, trao cho hai xứ Thuận, Quảng. Cậu từ khi nhận được mệnh lệnh, vỗ yên dân địa phương, thực là có công. Tiên khảo chầu trời, cháu giữ binh quyền, vẫn để cậu giữ chức cũ. Nhiều lần gửi thư giục cậu dốc thu tiền thuế, vận tải lương thực để giúp việc chi dùng của nhà nước, cậu thường lấy cớ đường biển gian nan hiểm trở để từ chối. Đến khi Kinh thành đã lấy lại, thiên hạ đã yên cậu mới ung dung theo về. Triều đình ưu đãi, cho coi một phủ Hà Trung và bảy huyện miền trên trấn Sơn Nam, trao cho chức Hữu tướng, có ý mong cậu và tả tướng Vinh quốc công Hoàng Đình Ái giúp rập hai bên tả hữu để hoàn thành sự nghiệp trung hưng, để vỗ yên dân chúng nước Nam. Mới rồi, bọn nghịch thần Phan Ngạn, Bùi Văn Khuê, Ngô Đình Nga manh tâm phản bội, nổi quân làm loạn, cháu đương cùng với cậu trù tính việc binh, truy quét đảng nghịch, chẳng ngờ cậu không đợi mệnh, tự tiện bỏ về, làm dao động lòng dân địa phương. Không biết đó là bản ý của cậu, hay là nghe lầm gian kế của bọn phản nghịch. Nay Bùi Văn Khuê, Phan Ngạn đánh lộn lẫn nhau, và đều đã bị giết cả. Thế mới biết đạo trời sáng rõ; tai hoạ không kịp trở gót, chắc cậu cũng biết cả rồi. Việc đã như thế, nếu cậu quả biết tỉnh ngộ ra, hối lại lỗi trước, nghĩ đến công nghiệp của tiên tổ, nên sai người mang thư đến hành tại lạy trình, rồi đốc nộp tiền thuế để cung việc chi dùng của nhà nước thì lấy công trừ lỗi, triều đình đã có pháp điển, mà công lao ngày trước của cậu lại được toàn vẹn, huân danh sự nghiệp bao đời, bền lâu mãi mãi. Nếu không thế, thì lấy thuận đánh nghịch, triều đình hùng binh đã có cớ rồi, danh tiết của cậu sẽ ra làm sao? Cậu trong việc quân thường vẫn lưu ý đến kinh sử, xin hãy nghĩ kỹ, đường để hối hận về sau.

Lê Nghĩa Trạch khi vào tới Thuận Hóa, biết Nguyễn Hoàng là người có nhiều mưu mẹo, bèn lấy thư của Chúa giấu bỏ vào bụi rậm ngoài đồng rồi mới sai xá nhân báo tin mình đến. Nguyễn Hoàng khi đó đang bày kế cướp lấy thư và làm nhục sứ giả. Đêm đến Nguyễn Hoàng sai lính giả làm cướp đến chỗ trọ của sứ thần cướp hết hòm xiểng mang về, nhưng mở hòm ra không thấy thư lại sai người đốt cả chỗ trọ. Nghĩa Trạch vì đã đem thư giấu đi từ trước nên mưu kế của Nguyễn Hoàng bất thành[66]. Sau đó, Hoàng đem con gái là Nguyễn Thị Ngọc Tú gả cho Trịnh Tráng, con thứ hai của Trịnh Tùng và để người con thứ 5 là Hải cùng cháu nội là Hắc ở lại miền bắc làm con tin[67]. Mùa đông cùng năm, ông sai Hải quận công Nguyễn Đình Luân đem quân đi đánh Nam Dương hầu Nguyễn Nhiệm thuộc phe thân nhà Mạc. Trận ấy quân Trịnh bị thua chạy, bỏ lại hơn 40 chiếc thuyền mà về Kinh sư. Chúa nổi giận, liền bãi chức của Luân[68].

Sau khi Nguyễn Hoàng chết đi (1613), con thứ 6 là Nguyễn Phúc Nguyên lên nối nghiệp. Năm 1620, con thứ 7 và 8 của Hoàng là Chưởng cơ Hiệp và Trạch bí mật xin chúa Trịnh giúp mình tranh ngôi. Chúa sai Nguyễn Khải đem quân đi đón họ. Nhưng âm mưu bị lộ, Hiệp và Trạch bị bắt, Nguyễn Khải phải lui quân. Từ đó chúa Nguyễn không chịu nộp thuế, hai họ Trịnh - Nguyễn lăm le thôn tính lẫn nhau.